中国科学院上海天文台成立于1962年8月，其前身是法国天主教耶稣会1872年建立的徐家汇天文台和1900年建立的佘山天文台。1950年12月由上海市军事管制委员会接管，1954年两台曾归属中国科学院紫金山天文台，1962年两台合并成立中国科学院上海天文台。
（一）徐家汇天文台和佘山天文台的创建
  1、徐家汇天文台的创建
　  法国天主教耶稣会于1872年2月，在上海徐家汇（明末大臣徐光启的故里），蒲西路221号破土动工兴建徐家汇天文台。1880年建造了33米高的木塔，顶端装有伯克利风向风速仪。1901年在原址西侧（蒲西路166号）另建三层新楼。大楼中央有砖木结构高40米的观测塔，安装有风向风速仪，大楼东侧是子午仪观测室，设有各种气象仪器，并增加了地温和井温的测量。
  2、佘山天文台的创建
　  法国天主教耶稣会于1900年在距上海市区约30公里的佘山山顶建立佘山天文台，在约100米高的山顶上安装有巴黎高梯尔厂出品的口径40厘米的双筒折射天文望远镜，同时建有直径10米的可转动的天文圆顶，在天文圆顶的东侧建有子午仪观测室。天文望远镜配有彗星照相仪、太阳黑子照相仪、太阳分光仪。
（二）1950年接管到1962年上海天文台成立
  1、接管经过
　  1950年12月11日，上海市军事管制委员会发布军高字第10325号命令，委派李亚农、陈宗器、吕东明等为正副主任委员驻台办理接管事宜。在上海市军事管制委员会领导下，由中国科学院、军委会气象局，组成“上海市军事管制委员会徐家汇及佘山天文气象台管理委员会”。李亚农任主任委员，副主任委员有陈宗器、吕东明，委员有张钰哲、王楚良等，于1950年12月12日正式进驻，开始接管工作，气象部分由军委会气象局接管，地磁和地震部分由中国科学院地球物理研究所接管，两台的天文部分由中国科学院紫金山天文台接管。
  2、领导体制变迁
　  接管初期，两台由上海市军事管制委员会徐家汇及佘山天文气象台管理委员会领导和管理，期间中国科学院紫金山天文台先后派研究员陈遵妫、李珩分别负责徐家汇观象台和佘山观象台的工作。1951年6月19日，成立《中国科学院紫金山天文台、地球物理研究所联合上海工作站》，简称《天地联沪站》，对两台进行管理。负责人由地球物理研究所副所长陈宗器兼任，当年12月25日，陈宗器调离，由陈志强兼代，1952年5月10日由紫金山天文台副台长孙克定兼任主任。1954年6月4日，中国科学院撤销《天地联沪站》，地磁和地震工作划归地球物理研究所领导，天文工作划归中国科学院紫金山天文台领导。两台分别更名为中国科学院紫金山天文台徐家汇观象台和中国科学院紫金山天文台佘山观象台。1955年陈遵妫调任北京天文馆筹备处负责人后，两台由李珩任负责人。
　  1961年10月31日，中科院上海分院与地球物理所签订协议，佘山地球物理部分划归佘山观象台建制。1963年6月，佘山地球物理部分仍划归地球物理所，人员的日常管理和政治思想工作由上海天文台代管。1972年，佘山地球物理部分又划归上海天文台，上海天文台成立地震研究室（经费由国家地震局负责），1976年12月经上海市革命委员会批准，将佘山地球物理部分划出成立上海市地震办公室，后改为上海市地震局。
　  1958年1月1日起，经紫金山天文台同意，徐家汇观象台和佘山观象台行政方面合署办公，并迁至南丹路2号新址（1958年10月1日起门牌号码改为南丹路80号）。1960年7月根据第五次院务常委会议精神，徐家汇观象台、佘山观象台从紫金山天文台划出，移交给中科院上海分院（后华东分院）管理。
（三）1962年8月中国科学院上海天文台成立
  1、1962年8月14日，中国科学院以院数部字第010号文决定徐家汇观象台和佘山观象台合并组成中国科学院上海天文台，任命李珩为台长，周尊博、龚惠人为副台长。
  2、文化大革命期间，1970年7月华东分院撤消，1970年11月上海天文台由中科院归口，实行以地方为主的双重领导。　　
  3、1978年10月上海天文台改为局级单位，直属中科院领导。

机构沿革情况表